English 
Русский 
Уважаемые студенты и преподаватели кафедры!
26 октября (среда) в 17.00 состоится семинар кафедры. Тема:
Алгоритм образования дисульфидных связей в МД. Фолдинг цистеиносодержащих пептидов и белков на примере гуанилина и прогуанилина.
Докладчик: Измайлов С.А., аспирант кафедры вычислительной физики, стажер-исследователь лаборатории биомолекулярного ЯМР.
Место проведения: НИИ Физики, корпус «И», 1 этаж помещения профиля НСФ кафедры ЯФМИ, Лекционный Холл.
Аннотация:
Молекулярная динамика сейчас стоит на границе возможности моделирования сворачивания белков из первых принципов. В классической молекулярной динамике не возможен процесс образования дисульфидных связей, являющийся важной частью фолдинга большого класса белков. Мы разработали протокол включающий образование дисульфидных связей в молекулярную динамику. Протокол был протестирован на небольшом пептиде гуанилин, содержащим 4 цистеина. Распределение изомеров в МД качественно соответствует экспериментальному. Также протокол был опробован на прогормоне гуанилина – прогуанилине, в результате чего удалось воспроизвести свертку, соответствующую известной ЯМР структуре.